De maneira simplista, a fitofisiologia é o ramo da botânica que trata dos fenômenos vitais que ocorrem nas plantas, ou seja, como funcionam os vegetais. Mais especificamente, ela estuda os processos e funções do vegetal, bem como as respostas das plantas às variações do meio ambiente (solo, clima e outras espécies vegetais e animais). Entende-se por processo qualquer seqüência natural e contínua de acontecimentos que possa ser observada nas plantas. Dentre eles pode-se citar: fotossíntese, respiração, absorção e condução de água e de nutrientes, translocação de fotoassimilados, germinação, floração, etc.
Considera-se função como sendo a atividade natural de uma parte qualquer do vegetal, ou seja, o papel desempenhado por um órgão, tecido, célula, organela ou constituinte químico da planta. Por exemplo, a atividade fundamental dos cloroplastos é a fotossíntese e a das mitocôndrias é a respiração, já os estômatos desempenham papel importante no controle da difusão, para dentro ou para fora, de vapor de água, de CO2 e de O2. Estas organelas e células estão localizadas nas folhas, que são órgãos onde ocorrem a fotossíntese, respiração e transpiração.
No estudo dos seres vivos a relação entre estrutura e função, apesar de complexa, pode ser visualizada como interdependente, ou seja, a função depende da estrutura e esta última é
criada (gerada) pela função.
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